A série se passa no ano 2415, onde o mundo se tornou um lugar pós-apocalíptico, pois a raça humana foi praticamente dizimada por um vírus que saiu do controle. Os únicos lugares da Terra que sobraram foram duas cidades vizinhas: Monica e Bregna. Monica é um lugar comum onde há pessoas tentando sobreviver e querendo mudanças, tentando fazer a situação melhorar. Bregna é um lugar perfeito e muito tecnológico, em que as coisas são lindas e suas construções grandiosas. No entanto, coisas estranhas acontecem e pessoas desaparecem do nada.

Títulos Alternativos:
BR: Ӕon Flux | RU: Эон Флакс | CN: 魔力女超人 | CN: איון פלאקס