Duas semanas após o surto, a GHQ iniciou uma quarentena na região infectada chamada Loop 7, cortando todas as formas de telecomunicação dentro da área. A Tennouzu High School agora está sendo usada como abrigo para jovens refugiados. Tsugumi e Ayase decidem ficar na escola com Shu e Inori, assumindo que o Funeral Parlor seja dissolvido. Souta sugere que Shu, Yahiro, Souta, Hare, Kanon e Arisa realizem um festival escolar para criar um ambiente relaxante para os refugiados. Shu mais tarde mostra a Yahiro que seu poder evoluiu, o que permite que ele extraia os vazios das pessoas sem deixá-los inconscientes. Enquanto isso, Segai, agora assumindo os Anti-Corpos, envia Daryl disfarçado para espionar a escola. Enquanto os alunos preparam e administram o festival, um grupo de refugiados descontentes se prepara para atacar a escola com um Humvee e um Endlave fornecidos por Segai. Como os refugiados descontentes atacam, Shu tenta trazer Ayase para a segurança, mas ela repreende-o por tratá-la com pena devido à sua incapacidade de andar. Shu ajuda Ayase extraindo seu Vazio, um par de aparelhos para as pernas que permitem que ela patine rapidamente sobre o chão, pule com incrível poder e até mesmo voe, permitindo que ambos derrotem os refugiados descontentes. Logo depois, um sinal de televisão transmite Keido, revelado ainda vivo e agora no comando do governo provincial japonês, anunciando que o Loop 7 será fechado pelos próximos dez anos.

Títulos Alternativos: US/DE/NO/FI/SE/DK/NL/NN/BE: Isolation | FR: Cour d’école | RU: Изоляция | KR: Phase 13 학원：isolation | CN/SG: 「学园」 | ES: «Academia: aislamiento» | UA: Ізоляція | IT: Isolamento | BR: Escola | IL: בידוד | JP: 学園：isolation | GR: Απομόνωση | TW: 學園：isolation | MX: Aislamiento | PL: Izolacja | RO: Izolare | ID: Isolasi | MY/SG: Pengasingan | SA/AE: العزلة | VN: Cách ly | AT/CH: Academy: Isolation | TR: Karantina | TH: แยกตัว | MAL/EN: Guilty Crown | ALT: GUILTY CROWN | JA: ギルティクラウン