Vários agentes foram mortos pelo assassino conhecido como Egg. Agora 009-1 é seu próximo alvo. Ela é chamada para tirá-lo também. Eles viajam para uma ilha onde 009-1 usa seu estilo de assassinato contra ele.

Títulos Alternativos: US: Hard-Boiled | BR: Missão 3: Duro cozido | FR: Dure à cuire | JP: Mission:3「ハードボイルド　Hard boild」 | KR: Mission:3 하드보일드