A história do anime revolve em torno de Yakumo Saitou, um estudante universitário que nasceu com olhos de cores diferentes. Seu olho esquerdo vermelho lhe concede a habilidade de ver e comunicar-se com fantasmas e espíritos. Ele acredita que os fantasmas e espíritos que ele pode ver ficam ligados à terra por algum motivo concreto, e que a simples causa de eliminar este motivo faz com que os espíritos possam descansar em paz. Um certo dia, Haruka Ozawa lhe pede por ajuda em um caso de exorcismo. Mesmo não sendo capaz de exorcisar os espíritos, Saitou aceita ajudá-la, usando o seu poder de ver os espíritos para condenar aqueles que cometeram os assassinatos e, juntos, eles dão início a uma empolgante investigação.
Depois de visitar um prédio abandonado, uma das amigas de Haruka Ozawa parece estar possuída por um espírito, e outro comete suicídio. Em desespero, ela vai até Yakumo Saitou, um estudante universitário indiferente que há rumores de ter habilidades sobrenaturais.
Durante a noite, dois construtores estão trabalhando numa construção perto de um templo para seu chefe, o presidente Irie, quando veem um fantasma. Haruka, no seu trabalho de meio período ouve sobre a maldição de uma raposa branca que tem assombrado o templo de Kunimatsu.
Yakumo assume um caso sobre a morte de um garoto de uma escola e Haruka conta a ele sobre uma experiência que teve quando um colega do trabalho a levava para casa de carro e passaram por um túnel que dizem ser assombrado. Yakumo está convencido que só pode ver espíritos, mas nada mais, e por isso não pode ajudá-los o tempo todo. Yakumo também leva em consideração a vida das pessoas ao seu redor (especialmente a de Haruka) que ele está colocando em perigo.
Depois de parar para ajudar um homem caído na rua, Hijikata Makoto (uma repórter e filha do chefe de polícia), é possuída pelo espírito do homem quando ele falece. No dia seguinte, Haruka é convidada por uma garota para investigar a morte de uma estudante chamada Ayaka. Enquanto Yakumo é solicitado por Gotou para investigar a possessão de Hijikata como um pedido do chefe.
Ayaka é filha do Dr. Kinoshita que morreu durante um tufão e se afogou no rio. O médico também era próximo do Dr. Andou Takashi (o fantasma que possui Hijikata Makoto). Gotou e Yakumo acabam encontrando provas que conectam o Dr. Kinoshita a Andou a partir de uma foto nos pertences de Andou.
Yakumo e Haruka investigam a assombração de um apartamento alugado por um estudante universitário, Date Shota. Eles então iniciam uma investigação para descobrir o que assombra o local.
O detetive Gotou pediu a ajuda de Yakumo para investigar um vídeo de um suposto fantasma feito na Mansão Nanase, onde 4 membros da família Nanase foram assassinados há 15 anos. O vídeo foi obtido por Hijikata Makoto e filmado pelo roteirista Hoshin Yukiko. Yakumo percebe algo e sai para investigar por conta própria depois de assistir ao vídeo.
Yakumo e o detetive Gotou ainda estão desaparecidos. Makoto e Yuutarou entram em contato com Haruka e conversam com o tio de Yakumo, Isshin, sobre encontrar Yakumo.
Ishii finalmente descobriu a identidade de Miyuki como a mulher que estava junto ao pai de Yakumo. Depois de conversar com a antiga professora dela, Ishii e Hijikata encontram o detetive Gotou em uma sala secreta dentro da Mansão Nanase, com uma pequena ajuda de Takeda.
Haruka e Yakumo acompanham a mãe de Haruka até a estação de trem. Ela diz a eles que enviará algo, mas eles não ouviram o que, pois a porta do trem já estava fechando enquanto ela lhes contava. Enquanto isso, Hijikata Makoto está conversando com um médico em um hospital, que diz a ela que um fantasma aparece e pergunta aos pacientes "quando você vai morrer?". Hijikata promete retransmitir este caso para um especialista que ela conhece (Yakumo).
O tiro de Miyuki tinha um objetivo: gerar ódio dentro de Yakumo para que o espírito de seu pai pudesse tentar uma possessão. Miyuki explicou que o objetivo de atrair Yakumo para abraçar a escuridão é garantir que seu estado de espírito seja praticamente o mesmo de seu pai, permitindo que seu pai e sua alma se fundam e que seu pai assuma seu corpo.
Shinrei Tantei Yakumo
25 min
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