Depois que uma guerra terrível causou estragos na população em geral, os governos do mundo se voltaram para uma tática mais evasiva para promover suas agendas - uma guerra travada nas sombras.
Lily, uma linda garota de cabelos brancos, é aluna de uma das muitas instituições que treinam jovens para se tornarem espiões competentes. Infelizmente, apesar de tirar boas notas nas provas escritas, ela mal consegue passar nas práticas. Sem nenhuma habilidade do mundo real para falar, suas esperanças de se formar são sombrias - até que ela tenha a oportunidade de se juntar à misteriosa equipe "Tomoshibi" e participar de uma missão intransponível.
A aluna fracassada da escola de espionagem, Lily, acabou de conseguir uma graduação provisória e não poderia estar mais feliz! Mas há mais em sua nova tarefa (e seu novo professor) do que aparenta.
Da derrota vem a sabedoria. Para derrotar Klaus, a Equipe Tomoshibi deve aprender com seus erros, mas assim que entrarem no território inimigo, o tempo para erros terminará.
As espiãs estão finalmente de volta à Mansão Mirage... bem, metade delas. Thea, Erna, Monika e Annett não respondem às mensagens e a preocupação aumenta. Klaus decide iniciar uma busca urgente para encontrar suas companheiras desaparecidas.
Thea e as outras acabam descobrindo o segredo de Matilda: ela é na verdade uma espiã do império. Enquanto Monika aconselha a seguir a lei e entregá-la ao exército, Thea se recusa a condenar a mãe de uma de suas amigas a um destino pior que a morte.
Enquanto todos os membros do Tomoshibi estão de volta à mansão, Monika pensa em sua pequena missão durante a infiltração no laboratório e em seu tempo na escola de espionagem.
Após tanto tempo todas as membros do Tomoshibi estão reunidas. Sara recebe uma carta de amor de um homem comum. Thea junta todas e está determinada a criar o encontro perfeito, mas...
As integrantes do Tomoshibi pegam um navio com destino aos Estados Unidos de Mouzaia e, na grande cidade de Mitario, iniciam a investigação do espião imperial ligado à equipe chamada Hebi que está matando espiões de outras nações.
A operação está a todo vapor em Mitario, mas o Tomoshibi ainda não tem pistas sobre a identidade do Murasakiari. Pior ainda, vários espiões que se opõem ao império foram neutralizados e Klaus teme que os suas alunas sejam as próximas.
Monika e Sibylla conseguem derrotar os lacaios enviados por Murasakiari, o espião imperial inimigo, mas logo em seguida são atacadas por outras doze formigas operárias e a situação se torna crítica.
Thea, depois de tentar de tudo, se vê nas garras do Murasakiari. Será a memória da Kouro suficiente para lhe dar forças para triunfar sobre o rei de Mitario?
De volta à Mansão Mirage, a vida volta ao normal para os membros do Tomoshibi... exceto uma. Thea busca resolver os enigmas deixados pela última mensagem de Klaus, mas será que as respostas que ela encontrará serão do seu agrado?