O jogo segue a história de Resalin Stout, uma garota que mora na Ilha Kurken em busca de aventura. Em um dia de verão, ela encontra um barco a remo abandonado e se aventura no continente com seus amigos Lent Marslink e Tao Mongarten. Ao longo do caminho, ela salva a filha de um comerciante viajante e conhece o alquimista Empel Vollmer com sua parceira Lila Decyrus, que inicia Ryza no caminho do aprendizado da alquimia e suas aventuras interline e logo descobre a verdadeira verdade sobre seu lar.

Títulos Alternativos:
US/DK/SE: Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout the Animation | CN: 莱莎的炼金工房 ～常暗女王与秘密藏身处～ | BR/DE/FR/MX: Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout The Animation | TW/HK: 萊莎的鍊金工房 ～常闇女王與秘密藏身處～ | KR: 라이자의 아틀리에 ~어둠의 여왕과 비밀의 은신처~ | ES: Ryza no Atelier Tokoyami no Joou to Himitsu no Kakurega | UA: Ательє Райзи. Королева вічної пітьми і таємна схованка | RU: Ателье Райзы: Царица вечной тьмы и тайное убежище | TH: อเทลิเยร์ ไรซ่า: ราชินีแห่งรัตติกาลและที่ซ่อนลับ | PT: Atelier Ryza | PT: Ryza no Atelier: Tokoyami no Joou to Himitsu no Kakurega