Ao resgatarem uma jovem mutante chamada Jubileu, os X-Men travam contato com os Sentinelas, robôs criados para capturar mutantes. Magneto ataca uma base de mísseis e uma indústria química para se vingar do humanos. Wolverine reencontra seu antigo inimigo, Dentes-de-Sabre. Scott Summers e Jean Grey são sequestrados pelos Morlocks, mutantes de aparência desagradável que se exilaram nos túneis de New York. Tempestade, Gambit e Jubileu são mantidos como escravos na ilha de Genosha. Vampira procura pela Cura Mutante, e Apocalipse cria seus Quatro Cavaleiros e ataca a humanidade. Os X-Men confrontam o Fanático. Um viajante do futuro, Bishop vem para impedir que o assassinato do Senador Kelly leve a um futuro terrível para humanos e mutantes. Magneto se alia aos X-Men para impedir que as Sentinelas, comandadas pelo Molde-Mestre dominem a humanidade..

Títulos Alternativos:
IL: אקס-מן: סדרת האנימציה | RO: Oamenii-X | ES: X Men, La Serie Animada | FR/CZ/MX: X-Men | IT: Insuperabili X-Men | BG: Х-мен | LV: X – cilvēki | DE: X-Men – The Animated Series | RU: Люди Икс | KR: 엑스맨 | CN: X战警动画系列 | TW: 特異功能組 | UA: Люди Ікс | GE: იქს-ადამიანები | TH: เอ็กซ์-เมน | TH: 變種特攻