Depois de anos sendo protegidos do mundo humano, os irmãos tartarugas saem para ganhar os corações dos nova yorkinos e serem aceitos como adolescentes normais através de seus atos heroicos. Sua nova amiga, April O’Neil, vai ajudá-los a derrotar um misterioso sindicado do crime, mas eles logo se veem em maus lençóis quando um exército de mutantes vai atrás deles.

Títulos Alternativos:
CN: 忍者神龟：变种大乱斗 | FR: Ninja Turtles : Teenage Years | TH: เต่านินจา: โกลาหลกลายพันธุ์ | VN: Ninja Rùa: Hỗn Loạn Tuổi Dậy Thì | PL: Wojownicze żółwie ninja: Zmutowany chaos | SA: سلاحف النينجا المراهقون: تحول مدمر | BR: As Tartarugas Ninja: Caos Mutante | IT: Tartarughe Ninja – Caos mutante | MX: Tortugas Ninja: Caos mutante | ES: Ninja Turtles: Caos mutante | KR: 닌자터틀: 뮤턴트 대소동 | UA: Підлітки-мутанти Черепашки-ніндзя: Погром мутантів | TR: Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası | IL: צבי הנינג’ה: טירוף המוטנטים | TW: 忍者龜：變種大亂鬥 | RU: Черепашки-ниндзя: Погром мутантов | JP: ミュータント・タートルズ：ミュータント・パニック！ | HK: 忍者龜：變異危機 | CZ: Želvy Ninja: Mutantí chaos | HU: Tini Nindzsa Teknőcök: Mutáns káosz | ES: Ninja Turtles: Caos Mutant | NL: Ninja Turtles: Totale Chaos | LT: Vėžliukai nindzės: Mutantų siautėjimas | SK: Ninja korytnačky: Mutantský chaos | BG: Костенурките нинджа: Пълен хаос | PT: Tartarugas Ninja: Caos Mutante | RO: Țestoasele Ninja: Haosul Mutanților | IR: لاک‌پشت‌های نینجای جهش‌یافته نوجوان: شورش جهش‌یافته | GR: Χελωνονιντζάκια: Μεταλλαγμένος Χαμός | RS: Нинџа корњаче: Хаос | CA: Les tortues ninja : Chaos chez les mutants | SI: Ninja želve: Mutantska ujma | HR: Nindža kornjače: Makljaža s mutantima | LV: Bruņurupuči nindzjas: Mutantu haoss | GE: კუ-ნინძები: ქაოსი მუტანტებს შორის | EE: Teismelised ninjakilpkonnad: Mutantide möll