Uma nova ilha resort foi construída na Baía de Tóquio, e é gerenciada por um dos mais poderosos super computadores do mundo. O grupo City Hunter foi convidado para a festa de inauguração, mas apenas Miki e Kaori conseguiram chegar lá. Logo, elas e os demais convidados da festa são feitos reféns por um ditador sul-americano exilado chamado General Gillium. Agora cabe a Ryo e Umibozu libertarem os reféns e impedir que a filha de Gillium utilize o super computador para lançar um ataque nuclear contra os EUA.

Títulos Alternativos:
US: City Hunter: Bay City Wars | IT: City Hunter – Guerra al Bay City Hotel | FR: Nicky Larson, City Hunter : Bay City Wars | DE: City Hunter – Bay City Wars | ES: City Hunter: La ciudad portuaria en guerra | KR: 시티헌터 베이 시티 워즈 | BR: City Hunter: Bay City Wars | CN: 城市猎人：海湾都市之战 | RU: Городской охотник: Войны Бей Сити | TW: 城市獵人：海灣城市之戰爭