O ano é 2199. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, após receber um “Sistema Inverso Cosmo” em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de “Gatlantis” e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se autodenomina “Goran Dagaamu do Trovão”. O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo correr para a Terra, escapa da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de raio devastadora chamada “Canhão de ataque direto de chamas” que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu recuar, mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cor estranha. A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um planeta misterioso.

Títulos Alternativos:
US: Space Battleship Yamato 2199: Odyssey of the Celestial Ark | FR: Space Battleship Yamato 2199: Hoshimeguru Hakobune | IT: Star Blazers 2199 – The Movie – Odyssey Of The Celestial Ark | DE: Star Blazers 2199 – Space Battleship Yamato – Odyssey of the Celestial Arc | KR: 우주전함 야마토 2199 – 별을 도는 방주 | BR: Patrulha Estelar Yamato 2199: A Odisséia da Arca Celestial | TW: 宇宙戰艦大和號2199 巡星方舟 | CN: 宇宙战舰大和号2199 星巡的方舟 | UA: Космічний лінкор Ямато 2199: Зоряний ковчег | SG: 宇宙战舰大和号2199 星巡的方舟 | AT: Star Blazers 2199 – Space Battleship Yamato – Odyssey of the Celestial Arc | CH: Star Blazers 2199 – Space Battleship Yamato – Odyssey of the Celestial Arc | ES: Uchuu Senkan Yamato 2199: Hoshi-Meguru Hakobune