Seis meses após os eventos do mangá original de Yu-Gi-Oh!, Yugi Muto e seus amigos estão no último ano do ensino médio e conversam sobre seus planos para o futuro. Embora Yugi ainda sinta que perdeu uma parte de si mesmo, ele se conformou com a partida do Faraó, mas Seto Kaiba não está disposto a deixar o passado para trás e encomenda uma escavação para recuperar o Enigma do Milênio, item que já havia abrigado a alma de seu rival, que ele espera reviver para acertar as contas. No entanto, a escavação é interrompida por um misterioso estranho chamado Aigami, que detém o poder sobre as dimensões.

Títulos Alternativos:
US: Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions | DE: Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions | IT: Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions | GR: Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions | ES: Yu-Gi-Oh! El Lado Oscuro de las Dimensiones | FR: Yu-Gi-Oh! : The Dark Side of Dimensions | RU: Югио! Тёмная сторона измерений | CN: 游戏王：次元的黑暗面 | MX: Yu-Gi-Oh!: El lado oscuro de las dimensiones | PT: Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions | HU: Yu-Gi-Oh!: The Dark Side of Dimensions | BR: Yu-Gi-Oh! O Lado Negro das Dimensões | BG: Ю-Ги-О!: Тъмната страна на измеренията | KR: 극장판 유희왕 더 다크 사이드 오브 디멘션즈 | TW: 遊戲王：次元的黑暗面 | TH: ยูกิโอ เกมกลคนอัจฉริยะ เดอะมูฟวี่ ศึกปริศนาด้านมืด