Durante um evento da cidade, Kakeru testemunha a quebra de um artefato sagrado em meio a um terremoto e se fere em um fragmento misterioso. Pouco depois, rumores estranhos surgem, levando Kakeru e seus colegas a investigar o que pode ser o início de algo muito maior.

Quando um incêndio estranho irrompe na escola, Kakeru corre para salvar sua irmã e se une à misteriosa Miyako, que revela ter conhecimento de poderes sobrenaturais. Juntos, eles enfrentam um inimigo pirocinético, usando um "Artefato" para despertar habilidades ocultas e revidar.

Enquanto investigam o caso de petrificação, Kakeru e Miyako se aproximam e descobrem novos usos para o Artefato dela, que rouba a posse [de outros Artefatos]. Mas, assim que fazem progresso, uma garota chamada Noa chega e começa a suspeitar de Kakeru como o verdadeiro culpado.

Miyako descobre os sentimentos de Kakeru através de suas memórias, o que tensiona o vínculo deles. No entanto, com a ajuda de Yoichi, eles começam a reconstruir sua conexão. Assim que iniciam a reconciliação, Miyako desaparece em meio a um novo caso de petrificação, levando Kakeru a procurá-la com um medo crescente.

Kakeru sente um misterioso déjà vu no santuário, enquanto Sophie insinua que ele pode estar ligado a um Artefato raro. Ao mesmo tempo, Amane investiga a "Rainha do Éden" e se envolve em um perigoso encontro com um grupo misterioso — incluindo o enigmático "Ghost".