Amate Yuzuriha é uma estudante do colegial vivendo na colônia Izuma, quando conhece uma entregadora chamada Nyaan.

Durante a Guerra de Um Ano entre o Principado de Zeon e a Federação Terrestre, um incidente em Side Seven muda o curso do conflito.

Depois de pilotar o GQuuuuuuX, Amate conhece Shuji, o piloto do Gundam Vermelho.

Uma super unicum conhecida como a "Bruxa", que abateu mais de 100 inimigos durante a Guerra de Um Ano, entra na Batalha de Clãs para acertar as contas com o Gundam Vermelho. Ao ver a Bruxa, obcecada por combates de mobile suits mesmo às custas de abandonar sua família, Machu observa as profundezas da obsessão humana.

Machu quer ganhar dinheiro nas Batalhas de Clã e viajar para a Terra com Shuji e Nyaan. No entanto, no dia da Clã, Machu é descoberta por Xavier. Desse jeito, a viagem para a Terra vai continuar apenas um sonho. E é aí que Nyaan...

Annqi descobre o esconderijo de Shuji. Informações sobre o Gundam Vermelho valem mais do que o prêmio da Batalha de Clãs. Machu descobre os planos de Annqi de vender informações durante as Batalhas de Clãs. A agência de inteligência da Federação Terrestre descobre informações secretas sobre Kycillia e decide...

Ao descobrir os planos de Annqi, Machu combina com Nyaan de usarem as Batalhas de Clã para escaparem. Porém, o próximo oponente nas clãs chega com um novo modelo de mobile armor operado por terroristas que planejam assassinar Kycillia.

Nos últimos momentos da Guerra de Um Ano, a frota de Sodon, liderada por Char, avança para impedir a missão das forças da Federação Terrestre de derrubar a fortaleza de Solomon e proteger a cidade de Granada.

Guiada por uma mensagem misteriosa, Machu escapa de Sodon e vai sozinha para a Terra no GQuuuuuuX. Depois de uma aterrissagem forçada, ela é resgatada por uma mulher a quem se referem como "irmã," que é mantida como refém na Mansão Kabas. Machu decide fugir com ela na tentativa de escapar usando o Core Fighter.

Para impedir que o Yomagn'tho cause destruição, Machu recebe uma missão de Challia Bull para resgatar a garota da rosa. No entanto, Kycilia age primeiro. O GFreD, novo mobile suit de Nyaan, inicia a ativação do canhão Zeknova. Seu alvo: toda a humanidade na Terra...

O GQuuuuuuX de Machu luta contra o GFreD de Nyaan enquanto tenta resgatar a garota da rosa. Eventualmente, guiada por Shuji, Machu se aventura sozinha no coração de Yomagn'tho. Lá, ela encontra Char e Kycilia.

É o fim do jogo. Um mobile suit branco aparece vindo do outro lado e tenta matar Lalah. Para a surpresa de Machu, o piloto deste Demônio Branco é ninguém menos que Shuji. Decidida a proteger Lalah, Machu e Nyaan lutam como MAVs e resolvem lutar contra Shuji.