A Aliança de Libertação Animal invade um instituto de pesquisa e sequestra uma chimpanzé grávida. Quinze anos depois, Charlie, o híbrido nascido naquela noite, entra no ensino médio. Ele faz amizade com Lucy, sem imaginar como é frágil a paz em que vivem.

A ALA ataca Nova York, matando várias pessoas em um atentado. Quando o passado de Charlie com essa organização vem à tona, a cidade começa a desconfiar dele.Mesmo assim, ele tenta seguir com sua rotina, sem saber o que o grupo planeja, enquanto um homem misterioso se aproxima de Lucy.

Lucy visita Eva, a chimpanzé que deu à luz Charlie, no Instituto de Pesquisas de Primatas Kornberg. Lá, ela conhece o Dr. Fowler, que revela segredos sobre o nascimento de Charlie. Mais tarde, ela participa de um jantar com a família dele, sem imaginar que membros da ALA estão à espreita.

Charlie desaparece de repente. Enquanto Bert e Hannah o procuram desesperadamente, ele enfrenta Rivera, Lippman e Min Soo, membros da ALA. Charlie faz um ultimato, e tudo parece caminhar para um acordo pacífico, até que Rivera toma uma decisão drástica.

Com a ajuda da congressista Dafne M. Linares, defensora dos direitos dos animais, Charlie finalmente é libertado. Mas, ao voltar para a escola, é recebido com desprezo e hostilidade. Mesmo assim, Lucy dá o primeiro passo em busca dos direitos civis de Charlie.

Charlie viraliza novamente ao impedir uma briga entre Ozzy e o ativista Gale.Em vez de agradecê-lo, Gale questiona Charlie pela falta de engajamento na causa animal. Desiludido, ele faz uma transmissão ao vivo sobre a própria frustração, até receber um convite misterioso.

Os alunos entram em pânico, e o mundo assiste horrorizado quando um homem mascarado transmite ao vivo um tiroteio no Colégio Shrews. O delegado Philip Graham invade a escola e se surpreende ao ver Charlie tentando salvar os feridos. Lucy fica frente a frente com o atirador, que prepara a última e pública mensagem para Charlie.

A comoção após o tiroteio na escola provoca uma onda de agressões contra veganos e ativistas por todo o país. Com o aumento do ódio à ALA, uma fake news de que Charlie teria protegido o atirador alimenta suspeitas sobre seus supostos vínculos terroristas, levando a um confronto com os moradores da cidade.

Lucy encontra o delegado Phil e finalmente revela a verdade sobre o incidente na piscina dez anos atrás. Enquanto Phil reconsidera tudo o que pensava sobre Charlie, Hannah percebe uma mudança no filho adotado. À noite, Lucy e Charlie trocam mensagens como sempre, até que uma resposta estranha dela desperta suspeitas nele.

Charlie parte sozinho para resgatar Lucy, que foi sequestrada. Depois de enfrentar membros armados da ALA, ele a encontra com Rivera. Empolgado em conhecê-lo, Rivera revela a verdade sobre o ataque que resgatou Eva quinze anos antes e a ligação dele com o Dr. David Grossman, pai biológico de Charlie.

Após salvar Lucy, Charlie volta para casa e encontra tudo em chamas. Ele tenta resgatar os pais, mas chega tarde demais. Ao perceber que a morte deles é suspeita, Charlie foge para a floresta antes da chegada da polícia. Começa uma caçada, agravada pelo desaparecimento de Rivera da custódia.

Após perder os pais, Charlie é adotado pelo delegado Phil e a esposa, Grace. Eles tentam recomeçar, apesar da pressão da mídia e da suspensão de Phil por ter protegido Charlie. Logo, novas mudanças surgem quando exames indicam que o corpo de Charlie está passando por uma transformação inesperada.

Enquanto tenta retomar a rotina, o país fica chocado com o novo ataque brutal da ALA. Charlie parece não se abalar e visita sua mãe biológica, Eva, que está prestes a morrer. Com a ajuda de Lucy para se comunicar, Eva deixa uma última mensagem que surpreende a todos.